بهینه سازی روش str-typing و بررسی پایلوت فراوانی اللی 16مارکر str در جمعیت ساکن تهران

توالی های تکراری پی درپی (tandem repeats) از اهمیت بالایی در ژنتیک انسانی برخوردارند و در این میان توالی های تکراری کوتاه (strها) امروزه اهمیت بسیار شایان توجهی در بررسی های ژنتیک انسانی و تشخیص هویت در پزشکی قانونی دارند. تعداد بسیار زیادی از این توالی ها در سرتاسر ژنوم انسانی پراکنده اند که دارای توالی های تکراری با طول مختلف و تعداد تکرارهای مختلف هستند. لیکن امروزه تحقیقات نشان داده است که در تشخیص هویت تنها استفاده از strهای دارای تکرارهای چهارتایی مفید و قابل استناد می باشد. لازمه ی استفاده ی موثر از strها در بررسی های تشخیص هویت در هر جمعیت، تعیین فراوانی های اللی لوکوس های مختلف str و ایجاد بانک اطلاعاتی آنها در آن جمعیت است. امروزه این مهم در کشورهای پیشرفته ی دنیا انجام شده است، اما در کشور ما هنوز تحقق نیافته است. به این منظور در این پژوهش 16لوکوس str رایج (شامل همه ی لوکوس های اصلی ndnad انگلستان و fbi codis امریکا) یعنی لوکوس های th01، tpox، csf1po، d16s539، d7s820، d13s317، d5s818، d8s1179، d18s51، fga، d2s1338، d3s1358، vwa، d2s441، d21s11 و d19s433 برای str-typing انتخاب شد. به منظور تکثیر این لوکوس ها با سرعت بالاتر و هزینه ی کمتر، پرایمرهای مربوطه در غالب 5 multiplex-pcr طراحی شدند. لذا تعداد بیشتری از لوکوس های str را در یک تیوب pcr می شوند. پس از راه اندازی این مالتی پلکس ها، 200نمونه ی خون که از افراد غیر خویشاوند به طور تصادفی جمع آوری شده بودند با الکتروفورز ژل پلی اکری آمید مورد str-typing قرار گرفت. در نهایت با بررسی نتایج الکتروفورز با نرم افزار total lab فراوانی اللی هر لوکوس محاسبه شد. محاسبات فراوانی اللی نشان داد که بیشترین میزان پلی مورفیسم مربوط به لوکوس های d19s433، d16s539 و d8s1179 و کمترین مقادیر مربوط به d21s11، th01 و csf1po بوده است. همچنین می توان مالتی پلکس های طراحی شده را با افزودن رنگ های فلوئورسنت به پرایمرها با الکتروفورز مویینه نیز مورد بررسی قرار داد.